System klasyfikacji użyty w tym atlasie jest własnym połaczeniem tradycyjnych systemów i nowszych systemów klasyfikacji grzybów.
Jego układ jest podyktowany przede wszystkim względami praktycznymi tego przewodnika-atlasu.
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subDiv. Agaricomycotina
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Cl. Agaricomycetes
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Ord. Sebacinales (łojówkowe)
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subCl. Agaricomycetidae
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Fam. Diplocystidiaceae
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Fam. Octavianiaceae (podziemkowate)
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Fam. Gyroporaceae (piaskowcowate)
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Fam. Serpulaceae (stroczkowate)
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Fam. Rhizopogonaceae (piestrówkowate)
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subOrd. Clavariineae
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subOrd. Tricholomatineae
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subOrd. Lichenomphalioideae
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Fam. Hydnangiaceae
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Fam. Porotheleaceae
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Fam. Fistulinaceae (ozorkowate)
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Fam. Chromocyphellaceae
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Fam. Stephanosporaceae
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Fam. Crassisporiaceae
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Fam. Phyllotopsidaceae
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Fam. Physalacriaceae
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Fam. Callistosporiaceae
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Fam. Biannulariaceae
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Fam. Hymenogasteraceae
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Fam. Pseudoclitocybaceae
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Fam. Niaceae
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Fam. Lobuliciaceae
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Fam. Pilodermataceae (włososkórkowate)
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Fam. Amylocorticiales
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Ord. Xenasmatales
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Fam. Xenasmataceae
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Ord. Sistotrematales (wielozarodnikowce)
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Ord. Gloeophyllales (niszczycowce)
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Fam. Hydnodontaceae
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subCl. Auriculariomycetidae
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subCl. Phallomycetidae
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Fam. Clathraceae (okratkowate)
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Fam. Gastrosporiaceae
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Fam. Hysterangiaceae (podkorzeniakowate)
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Fam. Phallogastraceae
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Fam. Sphaerabolaceae
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Fam. Lachnocladiaceae
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Fam. Amylostereaceae
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Fam. Russulaceae
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Fam. Gloeocystidiellaceae (woskobłonkowate)
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Fam. Ganodermataceae (lakownicowate)
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Epitheliaceae
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Fam. Boreostereaceae
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Fam. Sparassidaceae (siedzuniowate)
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Fam. Laetiporaceae (żółciakowate)
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Hapalopilaceae (miękuszowate)
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Fam. Panaceae
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Fam. Adustoporiaceae
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Fam. Fibroporiaceae
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Fam. Auriporiaceae
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Fam. Cerrenaceae
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Fam. Phaeolaceae (murszakowate)
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Fam. Incrustoporiaceae
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Fam. Hyphodontiaceae (strzępkozębowate)
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Fam. Oxyporaceae
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Fam. Chaetoporellaceae
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Fam. Tulasnellaceae (śluzowoszczkowate)
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Repetobasidiaceae
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Cl. Dacrymycetes
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Fam. Cerinomycetaceae
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Fam. Dacryonaemataceae
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Cl. Tremellomycetes
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subCl. Tremellomycetidae
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Fam. Syzygosporaceae
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Hyaloriaceae
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Fam. Phaeotremellaceae
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Fam. Carcinomycetaceae
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Fam. Aporpiaceae
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Fam. Cryptococcaceae
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Fam. Bulleraceae
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Fam. Sirobasidiaceae
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Ord. Filobasidiales
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Fam. Filobasidiaceae
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subDiv. Ustilaginomycotina (głownie)
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Cl. Ustilaginomycetes
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subCl. Ustilaginomycetidae (głowniowe)
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Ord. Ustilaginales (głowniowce)
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Fam. Ustilaginaceae (głowniowate)
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Cl. Exobasidiomycetes (płaskosze)
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subCl. Exobasidiomycetidae (płaskoszowe)
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Ord. Exobasidiales (płaskoszowce)
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Fam. Exobasidiaceae (płaskoszowate)
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subDiv. Pucciniomycotina
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Ord. Atractiellales (lepkogłówkowe)
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Ord. Cystobasidiales
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Fam. Cystobasidiaceae
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Ord. Naohideales
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Fam. Naohideaceae
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Cl. Agaricostilbomycetes
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subCl. Agaricostilbomycetidae
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Ord. Agaricostilbales
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Fam. Chionosphaeraceae
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Cl. Microbotryomycetes
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Ord. Heterogastridiales
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Fam. Heterogastridiaceae
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Cl. Pucciniomycetes
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Ord. Pucciniales
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Fam. Pucciniaceae
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Ord. Septobasidiales
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Fam. Septobasidiaceae
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Ord. Platygloeales
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Fam. Eocronartiaceae
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Ord. Helicobasidiales
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Fam. Helicobasidiaceae
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subDiv. Pezizomycotina
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Cl. Dothideomycetes
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subCl. Pleosporomycetidae
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Ord. Pleosporales
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Fam. Cucurbitariaceae
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Fam. Arthopyreniaceae (kapturnicowate)
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Fam. Lophiostomataceae
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Fam. Leptosphaeriaceae
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Fam. Lophiotremataceae
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Lophiotrema
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Fam. Massarinaceae
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Massarina
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Fam. Massariaceae
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Fam. Melanommataceae
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Fam. Phaeosphaeriaceae
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Fam. Trematosphaeriaceae
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Ord. Mytilinidiales
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Fam. Mytilinidiaceae
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Ord. Monoblastiales
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Fam. Monoblastiaceae
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Ord. Tubeufiales
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Fam. Tubeufiaceae
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Ord. Patellariales
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Fam. Patellariaceae
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Ord. Lichenoconiales
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Fam. Lichenoconiaceae
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Ord. Acrospermales
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Fam. Acrospermaceae
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Ord. Botryosphaeriales
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Fam. Botryosphaeriaceae
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Ord. Hysteriales
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Fam. Hysteriaceae
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Cl. Sordariomycetes
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subCl. Sordariomycetidae
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Ord. Sordariales
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Fam. Lasiosphaeriaceae
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Fam. Nitschkiaceae
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Fam. Schizotheciaceae
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Fam. Sordariaceae
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Ord. Boliniales
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Fam. Boliniaceae
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Ord. Coniochaetales
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Fam. Coniochaetaceae
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Ord. Diaporthales
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Fam. Melanconidaceae
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Fam. Melanconiellaceae
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Fam. Gnomoniaceae
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Fam. Lamproconiaceae
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Fam. Cytosporaceae
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Fam. Valsaceae
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Ord. Chaetosphaeriales
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Fam. Chaetosphaeriaceae
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subCl. Hypocreomycetidae
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Ord. Hypocreales
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Fam. Hypocreaceae
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Fam. Bionectriaceae
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Fam. Niessliaceae
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Fam. Flammocladiellaceae
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Fam. Tilachlidiaceae
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Ord. Coronophorales
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Fam. Bertiaceae
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Bertia
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subCl. Xylariomycetidae
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Fam. Hypoxylaceae
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Fam. Diatrypaceae
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Fam. Graphostromataceae
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Fam. Coniocessiaceae
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Fam. Lopadostomataceae
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Lopadostoma
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Fam. Melogrammataceae
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Fam. Hyponectriaceae
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Fam. Pseudomassariaceae
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Ord. Amphisphaeriales
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Fam. Amphisphaeriaceae
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Ord. Phomatosporales
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Fam. Phomatosporaceae
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Cl. Candelariomycetes
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subCl. Candelariomycetidae
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Ord. Candelariales
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Cl. Pezizomycetes
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subCl. Pezizomycetidae
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Fam. Pyronemataceae
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Fam. Rhizinaceae (przyczepkowate)
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Fam. Pyropyxidaceae
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Fam. Pulvinulaceae (poduszeczkowate)
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Cl. Leotiomycetes
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subCl. Leotiomycetidae
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Fam. Cudoniaceae
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Fam. Dermateaceae
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Fam. Leotiaceae (patyczkowate)
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Fam. Tricladiaceae
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Fam. Cenangiaceae
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Fam. Chlorociboriaceae (chlorówkowate)
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Fam. Bulgariaceae (prószykowate)
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Fam. Lachnaceae
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Fam. Hemiphacidiaceae
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Fam. Arachnopezizaceae
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Fam. Godroniaceae
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Fam. Tympanidaceae
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Fam. Pezizellaceae
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Fam. Ploettnerulaceae
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Fam. Mollisiaceae
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Fam. Gelatinodiscaceae
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Fam. Mitrulaceae (mitróweczkowate)
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Fam. Amicodiscaceae
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Amicodisca
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Fam. Helicogoniaceae
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Fam. Hyphodiscaceae
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Fam. Calloriaceae
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Fam. Drepanopezizaceae
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Fam. Ascodichaenaceae
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Ord. Phacidiales
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Fam. Phacidiaceae
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Ord. Thelebolales
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Fam. Thelebolaceae
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Cl. Geoglossomycetes
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Ord. Geoglossales
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Cl. Lecanoromycetes
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subCl. Ostropomycetidae
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Ord. Ostropales
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Fam. Stictidaceae
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subFam. Graphidoideae
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Ord. Pertusariales
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Fam. Megasporaceae
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Ord. Trapeliales (czarenkowce)
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Fam. Trapeliaceae (czarenkowate)
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Placynthiella (ziarniak)
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Fam. Arthrorhaphidaceae (cytrynkowate)
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subCl. Lecanoromycetidae
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Ord. Teloschistales
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subOrd. Teloschistineae
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Fam. Teloschistaceae
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Ord. Caliciales
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Ord. Lecideales (krążniczkowce)
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Fam. Psilolechiaceae (sorenkowate)
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Fam. Tephromelataceae (brunetkowate)
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Calvitimela (karfinka)
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subOrd. Collematineae
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subOrd. Peltigerineae
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subCl. Acarosporomycetidae
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Ord. Acarosporales
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subCl. Umbilicariomycetidae
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Fam. Ophioparmaceae
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Cl. Arthoniomycetes
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subCl. Arthoniomycetidae
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Fam. Lecanographaceae
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Fam. Chrysothricaceae
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Chrysothrix (złociszek)
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Cl. Lichinomycetes
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subCl. Lichinomycetidae
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Ord. Lichinales
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Fam. Lichinaceae
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Cl. Orbiliomycetes
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subCl. Orbiliomycetidae
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Ord. Orbiliales (guziczkowce)
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Amphosoma
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Cl. Eurotiomycetes
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subCl. Chaetothyriomycetidae
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Ord. Verrucariales
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Fam. Verrucariaceae
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Ord. Chaetothyriales
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Fam. Herpotrichiellaceae
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subCl. Eurotiomycetidae
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Ord. Onygenales
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Fam. Onygenaceae
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Ord. Eurotiales
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Fam. Thermoascaceae
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subCl. Mycocaliciomycetidae
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Ord. Mycocaliciales
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Fam. Sphinctrinaceae
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Cl. Sareomycetes
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Ord. Sareales
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Fam. Zythiaceae
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subDiv. Taphrinomycotina
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Cl. Neolectomycetes
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subCl. Neolectomycetidae
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Ord. Neolectales
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Fam. Neolectaceae
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Cl. Taphrinomycetes
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subCl. Taphrinomycetidae
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Ord. Taphrinales
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Fam. Taphrinaceae
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Div. Mucoromycota
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subDiv. Mucoromycotina
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Cl. Mucoromycetes
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Ord. Mucorales
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Fam. Pilobolaceae
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Fam. Phycomycetaceae
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Cl. Endogonomycetes
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Ord. Endogonales
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