System klasyfikacji użyty w tym atlasie jest własnym połaczeniem tradycyjnych systemów i nowszych systemów klasyfikacji grzybów. Jego układ jest podyktowany przede wszystkim względami praktycznymi tego przewodnika-atlasu.

subReg. Dikarya
subDiv. Pezizomycotina
subOrd. Pleosporineae
Fam. Camarosporidiellaceae (krościakowate)
Fam. Camarosporiaceae
Fam. Arthopyreniaceae (kapturnicowate)
Massarina
Fam. Massariaceae
Fam. Trematosphaeriaceae
Fam. Pleomassariaceae
Fam. Dacampiaceae
Fam. Amorosiaceae
Fam. Nigrogranaceae
Fam. Amniculicolaceae
Fam. Fenestellaceae
Fam. Lentitheciaceae
Fam. Coniothyriaceae
Ord. Mytilinidiales
Ord. Monoblastiales
Ord. Venturiales
Fam. Venturiaceae
Ord. Hysteriales
Fam. Hysteriaceae
Ord. Tubeufiales
Fam. Tubeufiaceae
Ord. Patellariales
Fam. Patellariaceae
Ord. Lichenoconiales
Fam. Lichenoconiaceae
Ord. Acrospermales
Fam. Acrospermaceae
Fam. Melanopsaceae
Ord. Mycosphaerellales
Ord. Dothideales
Fam. Dothioraceae
Fam. Dothideaceae
Ord. Microthyriales
Fam. Microthyriaceae
Ord. Valsariales
Fam. Valsariaceae
Ord. Kirschsteiniotheliales
Fam. Kirschsteiniotheliaceae
Ord. Cladosporiales
Fam. Cladosporiaceae
Ord. Dyfrolomycetales
Fam. Pleurotremataceae
Fam. Sordariaceae
Fam. Naviculisporaceae
Ord. Boliniales (boliniowce)
Ord. Coniochaetales (włosopyłkowce)
Fam. Coniochaetaceae (włosopyłkowate)
Ord. Chaetosphaeriales (włosokulkowce)
Ord. Cephalothecales
Fam. Cephalothecaceae
Fam. Niessliaceae
Fam. Flammocladiellaceae
Fam. Tilachlidiaceae
Fam. Paranectriaceae
Fam. Bertiaceae (bertiowate)
Fam. Coronophoraceae (pęczniakowate)
Ord. Melanosporales
Ord. Pleurotheciales
Fam. Pleurotheciaceae
subCl. Xylariomycetidae
Fam. Diatrypaceae
Fam. Coniocessiaceae
Fam. Lopadostomataceae
Lopadostoma
Fam. Melogrammataceae
Fam. Hyponectriaceae
Fam. Pseudomassariaceae
Ord. Amphisphaeriales
Fam. Amphisphaeriaceae
Ord. Phomatosporales
Fam. Phomatosporaceae
Ord. Xenospadicoidales
subCl. Diaporthomycetidae
Ord. Diaporthales
Fam. Melanconiellaceae
Fam. Gnomoniaceae
Fam. Lamproconiaceae
Fam. Cytosporaceae
Fam. Valsaceae
Fam. Apiosporopsidaceae
Fam. Erythrogloeaceae
Fam. Coryneaceae
Fam. Stilbosporaceae
Ord. Calosphaeriales
Fam. Calosphaeriaceae
Ord. Phyllachorales
Cl. Candelariomycetes
subCl. Candelariomycetidae
Ord. Candelariales
subCl. Pezizomycetidae
Fam. Rhizinaceae (przyczepkowate)
Fam. Pyropyxidaceae
Fam. Terfeziaceae
Fam. Ascodesmidaceae
Fam. Otideaceae (uchówkowate)
Fam. Pulvinulaceae (poduszeczkowate)
Fam. Pseudombrophilaceae
Fam. Tarzettaceae
subCl. Leotiomycetidae
Fam. Cudoniaceae
Fam. Dermateaceae
Fam. Leotiaceae (patyczkowate)
Graddonia (gradonia)
Fam. Cenangiaceae
Fam. Chlorociboriaceae (chlorówkowate)
Fam. Bulgariaceae (prószykowate)
Fam. Lachnaceae
Fam. Hemiphacidiaceae
Fam. Godroniaceae
Fam. Mollisiaceae
Fam. Mitrulaceae (mitróweczkowate)
Fam. Amicodiscaceae
Amicodisca
Fam. Calloriaceae (kalloriowate)
Fam. Cordieritidaceae (płatkowcowate)
Cordierites (płatkowiec)
Fam. Erysiphaceae
Fam. Ascodichaenaceae
Ord. Phacidiales
Fam. Phacidiaceae
Ord. Thelebolales
Fam. Holwayaceae
Ord. Marthamycetales
Fam. Leptodontidiaceae
Cl. Geoglossomycetes (ziemiozorniaki)
Ord. Geoglossales (ziemiozorkowce)
Ord. Ostropales
Fam. Stictidaceae
subFam. Graphidoideae
Fam. Megasporaceae
Fam. Agyriaceae
Fam. Pertusariaceae (otwornicowate)
Ord. Trapeliales (czarenkowce)
Placynthiella (ziarniak)
Fam. Arthrorhaphidaceae (cytrynkowate)
Ord. Schaereriales
Fam. Schaereriaceae
Ord. Teloschistales
subOrd. Teloschistineae
Ord. Caliciales
Ord. Lecideales (krążniczkowce)
Fam. Psilolechiaceae (sorenkowate)
Fam. Tephromelataceae (brunetkowate)
Calvitimela (karfinka)
subOrd. Collematineae
subOrd. Peltigerineae
Ord. Rhizocarpales
Fam. Rhizocarpaceae
Ord. Gyalectales
Fam. Gyalectaceae
subCl. Acarosporomycetidae
Ord. Acarosporales
subCl. Umbilicariomycetidae
Cl. Arthoniomycetes
subCl. Arthoniomycetidae
Fam. Lecanographaceae
Fam. Chrysothricaceae
Chrysothrix (złociszek)
Cl. Lichinomycetes
subCl. Lichinomycetidae
Ord. Lichinales
Fam. Lichinaceae
Ord. Symbiotaphrinales
Fam. Symbiotaphrinaceae
Cl. Orbiliomycetes
Ord. Orbiliales (guziczkowce)
Amphosoma
Ord. Verrucariales
subCl. Eurotiomycetidae
Ord. Onygenales
Fam. Onygenaceae
Ord. Eurotiales
Fam. Thermoascaceae
subCl. Mycocaliciomycetidae
Ord. Mycocaliciales
Fam. Sphinctrinaceae
Cl. Sareomycetes
Ord. Sareales
Fam. Zythiaceae
subDiv. Taphrinomycotina
Cl. Neolectomycetes (smerczynkowiaki)
subCl. Neolectomycetidae
Ord. Neolectales
Fam. Neolectaceae
Cl. Taphrinomycetes
subCl. Taphrinomycetidae
Ord. Taphrinales
subDiv. Agaricomycotina
Fam. Serendipitacea
Fam. Octavianiaceae (podziemkowate)
Fam. Gyroporaceae (piaskowcowate)
Fam. Serpulaceae (stroczkowate)
Fam. Rhizopogonaceae (piestrówkowate)
Fam. Niaceae
Fam. Pseudoomphalinaceae
Fam. Paralepistaceae
Fam. Melanoleucaceae (ciemnobiałkowate)
Fam. Cantharellulaceae (pieprzniczkowate)
Fam. Fistulinaceae (ozorkowate)
subOrd. Clavariineae (goździeńcowcowate)
Fam. Chromocyphellaceae
Fam. Crassisporiaceae
Fam. Aphroditeolaceae
Fam. Broomeiaceae (brumejowate)
Fam. Lobuliciaceae
Fam. Pilodermataceae (włososkórkowate)
Fam. Amylocorticiales
Ord. Xenasmatales (żylaczkowe)
Ord. Sistotrematales (wielozarodnikowce)
Ord. Gloeophyllales (niszczycowce)
subCl. Auriculariomycetidae
subCl. Phallomycetidae
Fam. Clathraceae (okratkowate)
Fam. Gastrosporiaceae
Fam. Hysterangiaceae (podkorzeniakowate)
Fam. Phallogastraceae
Fam. Sphaerabolaceae
Fam. Amylostereaceae
Fam. Russulaceae
Fam. Gloeocystidiellaceae (woskobłonkowate)
Fam. Ganodermataceae (lakownicowate)
Epitheliaceae
Fam. Sparassidaceae (siedzuniowate)
Fam. Laetiporaceae (żółciakowate)
Hapalopilaceae (miękuszowate)
Fam. Panaceae
Fam. Fibroporiaceae (włóknicowate)
Fam. Auriporiaceae (złotoporkowate)
Fam. Cerrenaceae
Fam. Phaeolaceae (murszakowate)
Fam. Podoscyphaceae
Fam. Hypochniciaceae
Fam. Hyphodontiaceae (strzępkozębowate)
Fam. Oxyporaceae
Fam. Tulasnellaceae (śluzowoszczkowate)
Repetobasidiaceae
Fam. Cerinomycetaceae
Fam. Dacryonaemataceae
Ord. Unilacrymales
Fam. Unilacrymaceae
subCl. Tremellomycetidae
Fam. Syzygosporaceae
Hyaloriaceae
Fam. Phaeotremellaceae
Fam. Carcinomycetaceae
Fam. Aporpiaceae
Fam. Cryptococcaceae
Fam. Bulleraceae
Fam. Sirobasidiaceae
Ord. Filobasidiales
Cl. Ustilaginomycetes
subCl. Ustilaginomycetidae (głowniowe)
Ord. Ustilaginales (głowniowce)
Fam. Ustilaginaceae (głowniowate)
Cl. Exobasidiomycetes (płaskosze)
Fam. Exobasidiaceae (płaskoszowate)
Fam. Graphiolaceae (jasnoczuprynkowate)
Ord. Microstromatales
Fam. Microstromataceae
subDiv. Pucciniomycotina
Ord. Atractiellales (lepkogłówkowe)
Ord. Cystobasidiales
Ord. Naohideales
Fam. Naohideaceae
Cl. Agaricostilbomycetes
subCl. Agaricostilbomycetidae
Ord. Agaricostilbales
Fam. Chionosphaeraceae
Cl. Microbotryomycetes
Ord. Heterogastridiales
Ord. Pucciniales
Fam. Pucciniaceae
Ord. Septobasidiales
Fam. Septobasidiaceae
Fam. Eocronartiaceae
Ord. Helicobasidiales
Fam. Helicobasidiaceae
subReg. Mucoromyceta
Div. Mucoromycota
subDiv. Mucoromycotina
Cl. Mucoromycetes
Ord. Mucorales
Fam. Pilobolaceae
Cl. Endogonomycetes
Ord. Endogonales
Div. Glomeromycota
subDiv. Glomeromycotina
Cl. Glomeromycetes
Ord. Glomerales
Fam. Glomeraceae
subReg. Blastocladiomyceta
Div. Blastocladiomycota
subDiv. Blastocladiomycotina
Cl. Blastocladiomycetes (pączkorostniaki)
subReg. Zoopagomyceta
Div. Entomophthoromycota (grzyby owadomorkowe)
subDiv. Entomophthoromycotina
Cl. Entomophthoromycetes
Ord. Entomophthorales (owadomorkowce)
Fam. Entomophthoraceae (owadomorkowate)
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