Większym wyzwaniem jest oznaczenie każdego gatunku, każdego egzemplarza grzyba. Jak się to robi? - to temat szerszego zbioru artykułów. Traktują one głównie o technicznych aspektach amatorskiej mykologii - sposobie dokumentacji znalezisk, obserwacji mikroskopowej i o wykonywaniu dokumentacyjnej fotografii makro i mikroskopowej.
Zbiór
90% sukcesu w oznaczaniu zależy od tego jak dokumentujesz swoje znalezisko.
Wstępne określenie grupy, rodziny lub rodzaju
Na podstawie naszego najlepszego rozeznania wstępnie określamy do jakiej grupy gatunków należą znalezione okazy. Wykonujemy to już w czasie zbioru (nawet nieświadomie klasyfikując, które zebrane okazy należą do różnych gatunków) i kończymy przy opracowaniu zbiorów po powrocie do domu.
Gdy nie mamy jednak wystarczających wskazówek do określenia rodziny, czy rodzaju do którego przynależy oznaczany grzyb, należy podejść w bardziej systematyczny sposób i przy pomocy klucza do oznaczania określić kolejne cechy rozróżniające duże grupy. Np. dla grzybów blaszkowych takim przydatnym kryterium jest barwa wysypu zarodników. Jest to wygodna cecha, bo jej stwierdzenie nie wymaga większego wysiłku a pozwala nam zwykle zakwalifikować grzyby blaszkowe do poziomu rodziny albo i rodzaju. Na tej cesze oraz pokroju owocników opiera się np. w tym atlasie klucz do grzybów blaszkowych.
Określanie gatunku
Na tym etapie wybieramy spośród gatunków w rodzaju lub rodzinie ten do którego opisu pasują cechy naszego znaleziska. Tą pracę wykonujemy z definicji po powrocie z terenu ponieważ wymaga ona uważnego przyjrzenia się zebranym egzemplarzom oraz dostępu do informacji o gatunkach w atlasach, literaturze, kluczach lub konsultacji na forum dyskusyjnym.Wtedy zwracamy uwagę na mniej oczywiste kryteria i wartość cech. Należy podkreślić, że dla sukcesu w oznaczeniu gatunku często krytyczną sprawą jest określenie wartości właściwych cech różnicujących gatunki w danym rodzaju, czy grupie, czyli tzw. cech kluczowych.