W konstrukcji mikroskopu są połączone dwa układy: optyczny i mechaniczny. Układ optyczny składa się z dwóch splecionych ze sobą części oświetleniowej i powiększającej. Jeden służy do optymalnego oświetlenie obserwowanego obiektu. Drugi do dwustopniowego powiększenia jego obrazu. Układ mechaniczny ma zapewniać właściwe położenie poszczególnych elementów układu optycznego. W konstrukcji mikroskopu kluczowa jest stabilność i precyzja układu mechanicznego oraz wzajemna równoległość i współśrodkowość składowych układu optycznego. W lepszych mikroskopach badawczych znadują się wszelkie regulacje temu służące oraz możliwość rozbudowy o elementy realizujące różne sposoby oświetlenia, obserwacji, rejestracji obrazu. W uproszczonych "studenckich" mikroskopach lub przeznaczonych do rutynowych badań laboratoryjnych, rezygnuje się z niektórych elementów celem uzyskania tańszych w produkcji rozwiązań.
Parfokalność.
Odległość parfokalna mierzona jest od płaszczyzny oporowej obiektywu do jego ogniska przedmiotowego. Zgrubnie można ją ocenić patrząc na długość obiektywów o wysokim powiększeniu (mają bardzo małą odległość roboczą - tj. od przedniej soczewki do szkiełka przykrywkowego) stąd ich długość jest tylko nieznacznie mniejsza od odległości parfokalnej. W mikroskopach produkowanych od lat 60 XX wieku wynosi ona zwykle 45mm. W starszych rozwiązaniach bywa często mniejsza. Mieszanie w jednym mikroskopie obiektywów o różnej odległości parfokalnej jest bardzo niewygodne ponieważ zmusza przy zmianie obiektywu do żmudnego ogniskowania preparatu "od zera". W szczególności różnica odległości parfokalnej może uniemożliwić zamienność obiektywów. Np. w mikroskopie PZO Biolar nie ma możliwości uniesienia na tyle wysoko stolika przedmiotowego aby móc zastosować obiektywy o krótkiej odległości parfokalnej ze "starych Zeissów.
W bardzo dawnych konstrukcja może się zdarzyć, że poszczególne obiektywy w zestawie mają różne odległości parfokalne, co jak wcześniej wyjaśniono jest bardzo kłopotliwe w eksploatacji.
Rewolwer: obiektywy mikroskopu są osadzone w gniazdach obrotowej tarczy - rewolweru, jego obracanie umożliwia prostą zmianę obiektywu a tym samym używanego powiększenia,
Tubus: przestrzeń pomiędzy obiektywem a okularem, w której następuje formowanie się obrazu; długość tubusu (tzw. długość optyczna tubusu - bo mechaniczna może być inna) w starszych konstrukcjach jest ustandaryzowana na 160mm (Zaiss i wielu innych) lub 170mm (Laica, czeskie mikroskopy). Jest to istotne zwłaszcza z tego względu, że obiektywy są projektowane na określoną długość tubusu. Jedynie dla niej mają skorygowane istotne aberacje. Wielkość ta, podana w milimetrach, jest wygrawerowana na obiektywach).
W mikroskopach zaprojektowanych pod koniec XX w. stosuje się przeważnie tzw. optykę korygowaną na nieskończoną i odpowiednie do tego obiektywy z wygrawerowanym symbolem nieskończoności. Przy czym o ile wymienność obiektywów projektowanych dla tubusa 160mm różnych marek była niemal zawsze możliwa, także dzięki wspólnemu standardowi gwintu (RMS), to obecnie, z uwagi na walkę konkurencyjną systemy poszczególnych głównych producentów mikroskopów nie są wzajemnie kompatybilne.
Układ oświetleniowy. Oświetlenie jest krytycznym dla jakości obrazu elementem mikroskopowania i znajdziesz na zbiorczej kilka artykułów poświęconych temu tematowi, W dawnych konstrukcjach stosowano zwykle rozwiązanie z lusterkiem, z którym można było użyć zewnętrzny oświetlacz (lampę mikroskopową). Obecnie regułą jest oświetlacz zintegrowany (wbudowany) w korpus mikroskopu. W oświetleniu tkwi zwykle zasadnicza różnica pomiędzy pełnymi mikroskopami badawczymi, a uproszczonymi, tanimi mikroskopami studenckimi (np. PZO Studar) lub do rutynowych badań laboratoryjnych. Uproszczenie polega zwykle na rezygnacji z przysłony polowej, możliwości centrowania i ustawiania odległości żarówki od kolektora, centrowania kondensora.
układ mechaniczny kondensora: pozwala na regulacje położenia kondensora w pionie (ogniskowanie przysłony polowej w płaszczyźnie przedmiotowej w oświetleniu wg Koehlara). W bardziej zaawansowanych modelach możliwe jest też centrowanie kondensora względem osi optycznej mikroskopu. Wspomniany PZO Biolar posiadają regulowaną mechanicznie blokadę (śrubę dystansową) zabezpieczający przed zbyt wysokim uniesieniem kondensora i "wjechaniem" w szkiełko przedmiotowe,
Elementy optyczne to :
- Oświetlacz: w prostych mikroskopach będzie to lusterko, może też być wbudowana żarówka z reflektorem, lub pełnowymiarowy układ oświetlający z kolektorem, regulacją odległości, centrowaniem, osobnym zasilaniem niskowoltowym, z regulacją napięcia itd.
- Kondensor: koncentruje światło formując z niego stożek wystarczający do oświetlenia pola przedmiotowego i wypełnienia apertury używanego w danej chwili obiektywu. Przy oświetleniu ustawionym wg Koehlara przysłona kondensora staje się przysłoną aperturową obiektywu i jest jednocześnie wtórym źródłem oświetlenia,
- Obserwowany obiekt umieszczany jest na szkiełko przedmiotowym (podstawowym). Na nim w kropli płynu (medium) umieszczony jest oglądany przedmiot, przykryty szkiełkiem nakrywkowym, Rozmiar szkiełka przedmiotowego jest ustandaryzowany na 76 x 26 mm, jego grubość to ok. 1 mm. Dawniej produkowane bywały grubsze. Bardzo ważna jest czystość szkiełek. Obecnie produkowane szkiełka renomowanych firm są reklamowane jako "gotowe do użycia" i zwykle jest to niemal prawdą. Dobrze jest jednak przynajmniej mieć gruszkę gumową pod ręką dla zdmuchnięcia nieprzylegającego kurzu. Grubość szkiełka przykrywkowego powinna zwykle wynosić ok. 0.15 mm - kwestia ta jest bardzo istotna dla obiektywów o powiększeniu ponad x10 i została szczegółowo wyjaśniona w specjalnym artykule.
- Imersja polega na wypełnienie cieczą przestrzeni pomiędzy szkiełkami a obiektywem i/lub pomiędzy kondensorem a szkiełkiem przedmiotowym, tak aby współczynnik załamania ośrodków na drodze światła od kondensora do obiektywu był możliwie równy (lub zgodny z obliczeniami przyjętymi przy projektowaniu obiektywu imersyjnego). W przypadku obiektywów suchych we wspomnianych przestrzeniach, na drodze światła znajduje się powietrze.
- Obiektywy. Jest pierwszym, zasadniczym elementem powiększającym obraz. Zbierają światło wychodzące z przedmiotu i tworzy jego powiększony obraz pośredni, oglądany przez okular(y) mikroskopu,
- Tubus: tutaj, w tylnej płaszczyźnie ogniskowej obiektywu formuje się powiększony obraz pośredni. W tubusie, w gniazdach okularowych umieszcza się okulary mikroskopowe.
- Nasadka okularowa: dłuży do osadzenia okularów i zmiany biegu promieni świetlnych na bardziej ergonomiczy dla obserwatora - pochylony. Nasadki okularowe mogą być jednookularowe (w prostszych i starszych mikroskopach) lub dwuokularowe (binokularna) pozwalające na wygodną obserwację dwoma oczami - ważne nie tylko ze względu na ergonomię ale i dla zdrowia.W przypadku nasadek binokularnych może być dostępna regulacja rozstawu okularów (stosownie do odległości pomiędzy źrenicami obserwatora) oraz regulacja dioptrija (dostępna w jednym z okularów) dla wyrównania różnić pomiędzy oczami obserwatora. Tzw. nasadki triokularowe mają trzecie wyjście okularowe (lub łącznikowe) do podłączenia aparatu fotograficznego, kamery cyfrowej.
- Okulary: służą do powiększenia (i obserwacji ocznej) obrazu tworzonego przez obiektyw mikroskopu, dodatkowo mogą korygować wady obrazu z obiektywu, Okulary pomiarowe umożliwiają (po wyskalowaniu) wykonywanie pomiarów długości i szerokości obserwowanych obiektów. Opis techniki.
- Mikroskop stereoskopowy - mikroskop z nasadką binokularną to nie to samo co mikroskop stereoskopowy. W mikroskopii stereoskopowej obraz dochodzący do każdego z oczu różni się, obserwator ma wrażenie postrzegania głębi obrazu, w mikroskopie binokularnym obraz dostarczany dla każdego oka jest ten sam, nie daje przestrzennego wrażenia. Mikroskopy stereoskopowe, są bardzo przydatne w mykologii, zwłaszcza przy precyzyjnym wykonywaniu preparatów lub przy badaniu grzybów tworzących bardzo małe owocniki. Z reguły mikroskopy te charakteryzują się dużą odległością roboczą obiektywu (standard to 100 mm) i stosunkowo niewielkimi powiększeniami, rzadko przekraczającymi 100x,
